Stagiair data science COVID-19 Surveillance CAS-BES eilanden

Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)

  • Stand­plaats Bilthoven
  • Uren per week 24 - 36
  • Vergoeding €652
  • Niveau Bachelor - HBO
  • Vakgebied Onderzoek / wetenschap
  • Reageren voor 1 november
  • Vacaturenummer #StageEPI1
  • Plaatsingsdatum 15 september 2022
  • Dienst­verband Praktijkopdracht
  • Periode 28 sep 2022 - 15 feb 2023

Functie­omschrijving

Achtergrond:
Het centrum EPI creëert inzicht in het vóórkomen en de verspreiding van infectieziekten, waaronder COVID-19. Hierbij worden diverse gegevens verzameld, bewerkt, geanalyseerd en vervolgens gerapporteerd ten behoeve van een adequate uitvoering van de infectieziektebestrijding.

Het Koninkrijk der Nederlanden bestaat uit vier landen: Nederland, Aruba, Curaçao en St Maarten (CAS-eilanden). Ook heeft Europees Nederland drie bijzondere gemeenten, bekend als Caribisch Nederland oftewel Bonaire, St. Eustatius (Statia) en Saba, de BES-eilanden. Het RIVM heeft binnen infectieziekten bestrijding conform de IHR-richtlijnen een ondersteunende rol voor zowel de CAS als de BES eilanden.

Met betrekking tot de COVID-19 pandemie zijn de surveillance datastromen vanuit de CAS-BES eilanden anders ingericht dan de datastromen voor Europees Nederland. Hieronder vallen data zoals aantal SARS-CoV-2 meldingen, COVID-19 gerelateerde ziekenhuisbezetting, en data uit bron- en contactonderzoek (BCO). De BES-eilanden melden deze data in het registratiesysteem OSIRIS voor alle meldingsplichtige infectieziekten . Daarnaast leveren zij geanonimiseerde data aan voor het monitoren van virusvarianten en de zorgcapaciteit. Vanuit de CAS-eilanden worden er gepseudonimiseerde databestanden toegestuurd. Al deze databestanden worden ingelezen in het softwarepakket R en vervolgens verder verwerkt. Aangezien de verschillende datastromen zich gedurende de COVID-19 pandemie hebben uitgebreid, moeten ook de bestaande R-scripts periodiek worden herzien. Wij zijn hiervoor op zoek naar een stagiaire die het leuk vindt om aan de slag te gaan met coderen in R.

Vraagstellingen
De stagiair zal zich bezig houden met het (verder) automatiseren van COVID-19 surveillance data vanuit de CAS-BES eilanden. Denk hierbij aan het automatisch inlezen, opschonen en combineren van de verschillende CAS-BES databronnen en het maken van een automatische rapportage.

Materiaal en methode

  • OSIRIS data BES-eilanden en soortgelijke data CAS-eilanden
  • Kiemsurveillance data (virusvarianten)
  • Statistisch software programma R

Werkzaamheden
Surveillance datastromen vanuit de zes eilanden inlezen en deze je eigen maken;
Waar nodig, bestaande scripts aanpassen en nieuwe scripts ontwikkelen;

  • Scripts gericht op dagelijkse data (t/m mei 2022) en wekelijkse data (vanaf mei 2022) op een bruikbare manier hernieuwen, opslaan en archiveren;
  • Aanpassen bestaande scripts aan nieuwe populatie aantallen van CBS voor de CAS-BES eilanden;

Waar nodig, bestaande rapporten aanpassen;

  • GGD rapporten voor de BES-eilanden hernieuwen op basis van bestaande scripts en aangepaste databronnen;
  • Openbare rapporten bijstellen aan aanpassingen in grafieken of tabellen;
  • Opstellen van een script dat meerdere databronnen aan kiemsurveillance data koppelt, en hier een geschikte output voor opstellen;

Mogelijkheid tot zelfstandig werken; technieken die geleerd kunnen worden
Deze stage betreft geavanceerde toepassing van R. In deze stage doe je kennis op en ontwikkel je expertise op het gebied van R en datastromen (data engineering) en doe je vaardigheid op over het vertalen van data naar inzichtelijke outputs waarbij je geholpen wordt door ervaren data scientists en epidemiologen. De stagiaire maakt onderdeel uit van het Data analytics, research and automated reporting team (DARA) in het centrum.

Verwacht product
Het opstellen van een geautomatiseerd script in R dat meerdere databronnen inleest, analyseert en verwerkt tot een passende output (o.a. grafieken en tabellen). Gedurende de stage zal de stagiair zich vooral kunnen verdiepen in de techniek en indien gewenst ondersteuning kan bieden bij technische vraagstukken gericht op surveillance data van de CAS-BES eilanden. Scripts en werkprocessen moeten overeenkomen met de DARA structuur en stijl.

Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)

RIVM: deskundig, betrouwbaar en onafhankelijk

Als Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) zijn we een deskundige, betrouwbare en onafhankelijke adviseur voor overheid, professionals en burgers. Ons doel: een gezonde bevolking en een duurzame, veilige en gezonde leefomgeving. We bewaken gezondheid, ziekten, de kwaliteit van de leefomgeving én het milieu. Daarvoor doen we onderzoek en we verzamelen kennis voor toegankelijke informatie en toepasbare adviezen. Het RIVM zorgt voor een goede geboortescreening, het bestrijden van infectieziekten en heeft een centrale rol bij het Rijksvaccinatieprogramma en de bevolkingsonderzoeken. We onderzoeken wat er nodig is voor goede zorg, een gezonde leefstijl, veilige producten en een veilige en gezonde leefomgeving. Ook dragen we bij aan het voorkomen, bestrijden en beheersen van incidenten en crises.

Vanuit ons hoofdkantoor in Bilthoven en vanaf 2025 vanuit een prachtig nieuw gebouw op het Utrecht Science Park, werken we met ongeveer 2300 collega’s aan al onze adviezen, rapporten, factsheets en publicaties. Daarbij laten we ons leiden door de vragen van vandaag én morgen. We doen ons werk midden in de maatschappij. Trots zijn we op onze organisatie waar iedereen welkom is. Als kennisinstituut van de overheid willen we een afspiegeling van de samenleving zijn. Naast talent, ervaring en motivatie maken ook aspecten van identiteit zoals leeftijd, geaardheid, culturele achtergrond of arbeidsbeperking, onze organisatie rijker, innovatiever én leuker. Met deze verschillende achtergronden, perspectieven en inzichten werken wij samen aan een nog beter resultaat!

RIVM – De zorg voor morgen begint vandaag

Ook benieuwd naar hoe anderen het werken bij het RIVM ervaren? Bekijk het op RIVM-ers aan het woord | RIVM

Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)

Contactpersonen

Voor meer informatie over deze vacature:

Danytza Berry, epidemioloog COVID-19 Surveillance CAS-BES eilanden (RES, CIb)

Solliciteren?

Het Rijk hecht waarde aan een diverse en inclusieve organisatie. Werken in divers samengestelde teams maakt ons effectiever, innovatiever en het werk leuker. Eenieder wordt daarom uitgenodigd te solliciteren.

Relevante vacatures

Hbo-/wo-stage economisch onderzoeker

Centraal Bureau voor de Statistiek
  • Stand­plaats Den Haag
  • Uren per week 32-40
  • Dienst­verband Onderzoeksstage

Stage bij de Directie Veiligheid, Crisis coördinatie en Integriteit

Ministerie van Buitenlandse Zaken
  • Stand­plaats Den Haag
  • Uren per week 36
  • Reageren voor 8 oktober
  • Dienst­verband Meeloopstage

Stage op de Politieke Afdeling van de Nederlandse ambassade te Berlijn

Ministerie van Buitenlandse Zaken
  • Stand­plaats Berlijn
  • Uren per week 40
  • Reageren voor 22 november
  • Dienst­verband Meeloopstage